PCR實驗室潔凈空調系統一般情況下,5級、6級潔凈區控制溫度為20℃～24℃,相對濕度為45%～65%;7級、大于7級潔凈區控制溫度為18℃～28℃,相對濕度為50%～65%。對潔凈室溫、濕度無特殊要求時,溫度應控制在18℃～26℃,相對濕度控制在45%～65%。此外，空氣氣流速度、送風量和新風量要符合凈化室實驗設施和人員的要求。因為凈化實驗室是一個相對獨立密閉的空間，在保持溫度、濕度、空氣流速流量的同時，還要采取措施補償室內排風和保持室內正壓（或負壓）值所需的新鮮空氣量。隨著潔凈度要求的不斷提高，還需要用到超高效過濾器, 那么要求空氣處理機組也至少要配置初效、中效、亞高效過濾器系統, 這樣對機組的強度要求更高, 對空氣處理機組送風機的壓頭會更大，而對于生物潔凈實驗室，含菌量也是主要控制參數之一，在空氣凈化處理方法上一般應增加過濾器，不僅可以有效的濾去空氣中的塵埃，也可以阻斷細菌和病毒在空調系統中傳播和擴散，特別是高效過濾器，對于大氣中浮游的病毒、細菌的捕捉效率實際上能達到100%，也可采用有效防止過濾器細菌滋生的過濾器。如含抗菌劑INTESEPT的過濾器、二氧化鈦過濾器等，過濾器要定期更換。