空調系統不僅僅是控制實驗室的溫濕度，同時還應實驗室通風系統配合，才能真正有效地保證實驗室的溫濕度和房間壓差，令人員和精密儀器有一個良好的工作環境。實驗室所在的整棟大樓若采用中央空調則一定要能夠進行分區域、分時段的模塊式管理，以避免加班時因不能正常使用空調而影響儀器的檢測性能。中央空調管線的布局應結合實驗室通排風管道的設計，避免施工的時候交錯重疊，影響層高。極端天氣情況下，應能確保樣品室、氣瓶室、超低溫冰箱室、精密儀器室、不間斷電源室等對溫度要求高的區域保持24小時的恒定溫度調節。